Program Studi Ekonomi Syariah di IAIN Kendari merupakan program studi di Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam IAIN Kendari yang berdiri pada tanggal 12 Februari tahun 2015 berdasarkan Permenag No. 9 tahun 2015 tentang Organisasi dan Tata Kerja Institut Agama Islam Negeri Kendari.   Cikal bakal Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam ini sudah ada sejak tahun 1999 yaitu Program Studi Ekonomi Islam dengan konsentrasi Perbankan Syariah Jurusan Syariah. Izin penyelenggarannya berdasarkan  Keputusan  Direktur Jenderal  Kelembagaan  Agama  Islam  No: DJ.II/193/2003 tentang Izin Penyelenggaraan Program Studi Ekonomi Islam pada Jurusan Syariah STAIN sultan Qaimuddin Kendari. Pada diktum yang keempat keputusan tersebut Program Studi Ekonomi Islam pada Jurusan Syariah tidak boleh menerima mahasiswa baru termasuk mahasiswa pindahan, mulai tahun 2003/2004.

Tahun  2008  terbit  Keputusan  Direktur  Jenderal  Pendidikan  Islam Nomor: DJ.I/385/2008 tentang Perpanjangan Izin Penyelenggaraan Program Studi pada Perguruan Tinggi Agama Islam (PTAI) termasuk salah satu diantaranya Program Studi Ekonomi Islam (S1) STAIN Sultan Qaimuddin Kendari dengan masa berlaku lima tahun. Sehingga tahun 2009 STAIN Kendari menerima kembali mahasiswa baru untuk Program Studi Ekonomi Islam. Berdasarkan Akreditasi BAN-PT No. 030/BAN-PT/Ak-XV/S1/X/2012 Program Studi Ekonomi Islam terakreditasi C.

Berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor: 4076 Tahun 2014 tentang Penyesuaian Nomenklatur Program Studi Pada Program Sarjana STAIN Sultan Qaimuddin Kendari tahun 2014 nama Program Studi Ekonomi Islam berubah menjadi Ekonomi Syariah.

Peraturan Presiden Republik Indonesia No. 145 Tahun 2014 tentang Perubahan Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri Kendari menjadi Institut Agama Islam Negeri Kendari  Tanggal 17 Oktober 2014 status STAIN Sultan Qaimuddin Kendari berubah menjadi  IAIN Kendari. Program Studi Ekonomi Syariah berada di bawah naungan Fakultas Ekonomi dan bisnis Islam IAIN Kendari.

Tahun 2017 Program Studi Ekonomi Syariah melakukan reakreditasi dan berdasarkan Keputusan BAN-PT No. 4778/SK/BAN-PT/Akred/S/XII/2017 menyatakan bahwa Program Studi Ekonomi Syariah pada Program Sarjana Institut Agama Islam Kendari terakreditasi dengan peringkat B. Sertifat akreditasi tersebut berlaku sejak tanggal 12 Desember 2017 sampai dengan 20 Juni 2022. Dengan Jumlah 30 Dosen Fakultas Kaahlian Ekonomi Islam yang 4 diantaranya bergelar doktor ditambah 7 pegawai staf kependidikan, saat ini mengajar dan melayani sekitar 500 mahasiswa Program studi ekonomi Syariah.